La primera escena muestra al agente Sam Stanley y al agente Chet Desmond tarde en la noche después de realizar la autopsia al cuerpo de Teresa Banks, mientras discuten cuánto tiempo ha pasado desde que entraron en la morgue. Más tarde, llegan al Hap's Diner, donde Teresa trabajaba en el turno de noche como camarera, y cuestionan al dueño del Hap's sobre Teresa. El sheriff Cable de Deer Meadow sale afuera con Desmond y pelea con él por llevarse el cuerpo de Teresa de regreso a Portland, lo que sacó la investigación del asesinato de las manos del departamento de policía local y corrupto. Más tarde, se muestra al agente especial Dale Cooper en una puerta de la sede del FBI en Filadelfia hablando con su secretaria Diane. A continuación, Cooper se encuentra con Sam Stanley después de que Desmond desaparece.

La ciudad humana de Zion se defiende de la invasión masiva de las máquinas mientras Neo lucha para poner fin a la guerra en otro frente y al mismo tiempo se opone al deshonesto Agente Smith.

Se narra la vida del legendario artista James Brown, también conocido como el Padrino del Soul, desde su infancia empobrecida hasta su evolución como una de las figuras más icónicas e influyentes del siglo XX.

Neo y sus aliados compiten contra el tiempo antes de que las máquinas descubran la ciudad de Sion y la destruyan. Mientras busca la verdad sobre Matrix, Neo debe salvar a Trinity de un destino oscuro dentro de sus sueños.